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    早在民國20年代,化石爺爺-陳春木先生即窮盡畢生心力,採集當地古生物化石,並進而推廣之;在陳春木先生的努力之下,菜寮化石群深獲各界的重視。經台北帝國大學(台灣大學前身)教授早坂一郎博士,首次在菜寮溪發現化石以來,開啟當地的學術研究,迄今已有80多年的歷史。

    台灣光復以後,化石的調查活動與研究依然熱絡,並經常吸引國內外學者前來考察與進行深入研究。民國63年,左鎮鄉光榮國小師生及一些業餘化石收藏研究者,將歷年來所蒐集之千餘件化石公開展示,引起各界重視。

    民國70年,經地方熱心人士的奔走與政府的支持,在前省主席林洋港先生、前楊寶發縣長及地方有識之士的重視下,終於完成菜寮化石館的興建與正式啟用。所以菜寮化石館也可以說是台灣第一個地方文化館,也是台南市一項重要自然文化資產與地方特色。館內保存著千餘件古生物化石,這些標本持續提供國內外學者進行深入的比對分析研究;因此菜寮化石館也成為國人參訪,瞭解菜寮化石群之歷史意義與重要性之好場所。

    民國76年,由台南縣文化局(現為臺南市政府文化局)接管化石館,館長由歷任光榮國小校長兼任之,立即加強本館的管理營運,改善部分格局,以提升展示效果,並提出擴建規劃計畫,以發揮學術研究與觀光雙重功能。

    民國100年因應縣市合併,本館更名為「臺南市菜寮化石館」,由臺南市政府文化局管轄。

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